Świątynia ta na mocy dekretu wydanego przez kard. Stanisława Dziwisza jest Sanktuarium Błogosławionego papieża. Podczas mszy św. odprawionej przy ołtarzu polowym kard. Dziwisz podkreślił, iż Centrum wyrasta w miejscu gdzie w czasach wojny pracował młody Karol Wojtyła, a Jan Paweł II - apostoł Bożego Miłosierdzia, powraca do Krakowa, by razem z św. Siostrą Faustyną głosić światu Boga bogatego w miłosierdzie.
W uroczystym pobłogosławieniu nowego kościoła i wprowadzeniu do niego relikwii uczestniczyli m.in. nuncjusz apostolski abp. Celestino Migliore, biskupi, parlamentarzyści, samorządowcy i kilka tysięcy młodych ludzi, którzy obchodzili w Łagiewnikach Małopolskie Święto Wolontariatu. Kard. Dziwisz mówił w homilii, że relikwia krwi błogosławionego ma szczególną wartość i wymowę, bo przypomina wydarzenie z dnia 13 maja 1981 r. - dzień zamachu na papieża w Rzymie na Placu świętego Piotra.
Relikwiarz z kroplą krwi błogosławionego Jana Pawła II został umieszczony w podstawie ołtarza w Kaplicy Relikwii, gdzie wierni będą mieli możliwość ją dotknąć i ucałować. Oprócz krwi Jana Pawła II w świątyni jest jego pastorał, a w Kaplicy Kapłańskiej płyta z grobu papieża, przeniesionego z Grot Watykańskich do Bazyliki św. Piotra.